En Alpha Omega, los jugadores asumen los roles de los comandantes de las flotas espaciales Humana, Conducida y Rhylsh. El juego presenta escenarios establecidos cronológicamente en un escenario ficticio de futuro lejano: desde las guerras civiles del incipiente imperio espacial humano, hasta la primera invasión alienígena de las Manadas, y el enfrentamiento y eventual alianza entre los humanos y los Rhylsh.

Las Manadas y las facciones humanas/Rhylsh tienen diferentes tecnologías entre ellas, afectando a la forma en que sus unidades se mueven y a las armas con las que se destruyen entre sí. Ambos lados pueden desplegar cazas, naves de asalto, destructores, portaaviones, cruceros de batalla, y varias otras naves. Se pueden colocar minas para defender los puestos de avanzada y las bases estelares, pero se pueden barrer con los barredores de minas. La carga puede ser capturada, y los sensores pueden ser bloqueados para ayudar a las naves camufladas a infiltrarse más lejos.

Cada escenario (batalla) se resuelve de la siguiente manera. En la primera fase, cada jugador escribe en secreto el movimiento y las acciones de sus unidades. Las órdenes de ambos bandos se resuelven entonces simultáneamente en las siguientes fases. Una vez resueltos los movimientos y acciones, los jugadores repiten el ciclo, anotando en secreto sus órdenes y ejecutándolas abiertamente. Las acciones de combate se resuelven tirando los dados y consultando los efectos de las tablas. El juego continúa hasta que la duración del escenario haya transcurrido o se hayan cumplido las condiciones de victoria de un bando.