Pixel Tactics es un juego de combate táctico para dos jugadores. Cada jugador dispone de un mazo idéntico de 25 cartas, de las que elige un líder. Las habilidades del líder alteran enormemente la estrategia y la jugabilidad de todas las demás cartas del mazo, lo que hace que el juego se pueda jugar de 25 maneras diferentes.

En el juego, los jugadores se turnan para colocar cartas y atacar. Cada carta puede activarse de varias maneras, adquiriendo capacidades ofensivas en las filas delanteras de la unidad, o poderes de apoyo en las filas traseras. Las cartas también pueden jugarse como órdenes; poderosos efectos de una sola vez que pueden cambiar el rumbo de la batalla.

El juego continúa hasta que el líder de cualquiera de los jugadores es derrotado. Una partida típica es al mejor de tres o cinco rondas.

Pixel Tactics tiene lugar en el mismo mundo y utiliza muchos de los personajes de BattleCON: War of Indines de Level 99 Games, pero su modo de juego no tiene nada que ver.