En Pixelmon, también conocido como "Prehistoric Pixelmon - The Deckbuilding Game", de 2 a 5 jugadores domestican, entrenan y luchan con monstruos prehistóricos pixelados para ganar premios.

El objetivo del juego es ganar el mayor número de premios después de 8 turnos de juego, en los que los primeros 5 turnos son sólo para domesticar y entrenar a tu Pixelmon, mientras que en los turnos 6 a 8 y posiblemente más, los jugadores luchan entre sí con sus equipos de lucha de tres Pixelmon cada uno. El "último hombre que quede en pie" en una batalla recibirá una carta de premio y el jugador que tenga más cartas de premio después de que se hayan librado tres batallas será declarado vencedor (en caso de empate, se celebrarán turnos adicionales hasta que un jugador salga victorioso).

Este juego es un juego de construcción de mazos en la línea de Dominion, Thunderstone, Nightfall y otros, ya que cada jugador comenzará con un Pixelmon inicial y un mazo inicial asociado a él. A lo largo de la partida, los jugadores construirán y optimizarán sus mazos "aprendiendo" (comprando de un suministro) nuevos ataques que podrán utilizar en la fase de batalla para vencer a los equipos de Pixelmon del otro jugador.

El juego estará ilustrado con gloriosas ilustraciones y gráficos de píxeles de estilo retro por el propio diseñador del juego.