SET Junior utiliza el conocido modo de juego de SET, pero con una dificultad reducida para los jugadores más jóvenes. En SET, los jugadores deben crear conjuntos de tres cartas, en los que cada carta del conjunto tiene la misma característica que las demás cartas del conjunto o una característica diferente. Por ejemplo, las tres cartas tienen símbolos verdes, pero tienen 1, 2 y 3 símbolos y los símbolos tienen formas diferentes (óvalo, garabato y diamante).

Una de las caras del tablero de juego de doble cara de SET Junior presenta tres cuadrados de 3x3, y cada línea de un cuadrado forma un conjunto. Los jugadores se turnan para sacar una ficha de la pila, cada una con 1 a 3 símbolos en uno de los tres colores y en una de las tres formas, y la colocan en el tablero. Cada vez que un jugador completa un conjunto colocando una ficha, reclama una ficha de puntos y gana quien reúna más fichas.

En el otro lado del tablero de juego, un repartidor coloca hasta diez fichas de una en una y cuando cualquier jugador ve un conjunto entre las fichas boca arriba, grita "¡Set!" y reclama las fichas que forman el conjunto. El repartidor sustituye las fichas y el juego continúa hasta que no se puedan reclamar más conjuntos. Quien reclame más conjuntos gana.