Un agente secreto de A.R.K. se ha infiltrado en una instalación Raxxon de alto secreto, intentando completar tres objetivos de la misión antes de escapar — pero son perseguidos por Cazadores Raxxon genéticamente modificados. Los jugadores pueden elegir a qué bando desean unirse.

Specter Ops es un juego de ciencia ficción, de movimientos ocultos, similar a Scotland Yard. Los jugadores intentan localizar/capturar a un misterioso agente, que lleva la cuenta de sus movimientos furtivos a través de un mapa privado. Los demás jugadores toman el control de personajes únicos que deben utilizar su ingenio, habilidades y tecnología para ayudarles a dar caza a este infiltrado. Objetos como granadas de destello, escáneres y otros similares están a disposición de este agente encubierto.